食品加工工程系开设有中式烹调、西式烹调和面点三个专业，为菏泽市中职院校特色专业，学院重点打造专业。现有专业教师18人，其中国家级技能竞赛裁判员1人，技师7人，副教授4人，硕士2人，讲师5人，中青年骨干教师8人。有中西式烹饪、面点等各类实训室。学生在国家、省、市烹饪技能大赛中屡次斩获佳绩，毕业生可从事中高档餐馆业的中西式烹调、面点、营养配餐与餐饮管理工作。此外食品加工工程系与上海夏阳湖、晶辉、汤城小厨、蓝蛙、文博诺富特等多家高档酒店建立了良好稳定的校外实习就业基地。